公元前260年，秦伐赵，爆发了 “长平之战”。结果赵国被灭，赵国的流民在荆爷爷的带领下逃出赵国，在“快活谷”中过起了世外桃源的生活。
荆爷爷在一次与山贼的对抗中死去。身为秦人的樊于期回到了秦国，荆轲与小沪逃亡齐国，小沪离开荆轲沦落青楼，和聂无涯勾搭并合谋杀害贾满贯嫁祸于荆轲。绝望的荆轲被田光救出走上刺客生涯。
樊于期虽得到秦王的赏识，秦王将自己的公主许给樊于期也没能减弱期对小沪的思念。秦王对期的赏识招来吕不韦的不满，一场宫廷斗争随即愈演愈烈。
荆轲从师于盖聂，成为身手不凡的刺客。在一次执行任务中荆轲杀死了采儿，伤心欲绝的荆轲遇见了高渐离。荆轲感觉刺客的生涯离理想的生活越来越远，当他遇见圣女云兮的时候这种感觉越发强烈，终于云兮的死唤醒了荆轲，使他决定不再做刺客。
燕子丹被燕王喜作为人质送到了秦国，私自放走燕子丹的樊于期被秦王囚禁起来。蒙嫣以死救出期，樊于期悲痛欲绝，在燕子丹的恳求下，樊于期决定留下率领燕军与前来的秦军决一死战。此时的荆轲暂住百里香客栈，喜鹊对他百般挑逗却依旧无动于衷，他只想立即找到田光脱离刺客组织。
由于燕王的委曲求全、燕臣翼的泄漏军机，使得燕军被秦军大败。燕子丹决定刺杀秦王，这个任务非荆轲莫属……
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